复旦大学附属儿科医院消化科是卫生部临床重点专科，为中国医师协会儿科医师分会儿童消化内镜学组首届组长单位，上海市医学会儿科学分会消化学组组长单位，拥有独立的病房、门诊、内镜中心，是集临床、科研、教学为一体的综合性科室。
消化专科年门诊量超80000人，在上海乃至全国儿童医院位居榜首。开设有儿童炎症性肠病多学科诊疗门诊，以及胃肠过敏、胃肠置管/胃造瘘、便秘、炎症性肠病等专病门诊。2015年运用脐血干细胞移植技术治疗国内首例IL10RA基因缺陷极早发型炎症性肠病患儿并获得成功。目前本中心是全世界报道IL10RA基因缺陷极早发型炎症性肠病最多的临床中心，也是全世界脐血干细胞移植治疗IL10RA缺陷最多的中心。2018年加入NEOPICS（国际早发性IBD群体研究机构）中国中心。《儿童难治性炎症性肠病的治疗新手段》荣获上海市医务职工科技创新“星光计划”二等奖。《多学科团队协作诊治儿童炎症性肠病》项目入选2022年度和2023年度复旦大学上海医学院“研究型医院多学科诊疗MDT示范项目”。与国外多所著名大学保持着密切的学术交流和联系，以提升国内儿童炎症性肠病的诊疗研究水平，推动儿童炎症性肠病多学科、国际多中心合作及规范化诊治。消化内镜中心拥有双气囊小肠镜、胶囊内镜、超声内镜等先进设备。2006年首先开展双气囊小肠镜检查，极大程度提高了小肠疾病的检出率。2014年开展儿童经口内镜下食管括约肌切开术，并对世界范围内年龄最小儿童（11月女婴）成功实施该手术。胃肠镜操作每年逾7000例，其中三级、四级内镜手术千余例。常规开展消化道息肉内镜治疗、经皮内镜下胃造瘘术、经口内镜下食管括约肌切开术、经口内镜下幽门肌切开术、内镜逆行阑尾炎治疗术、食道胃底静脉曲张出血内镜治疗等内镜微创治疗。
作为复旦大学研究生培养点，参与硕士、博士研究生的培养工作。参与复旦大学医学院八年制消化系统疾病章节的慕课教学和五年制大学生的大课教学；复旦大学医学会留学生全英文授课；参与大学生临床PBL示教；参与研究生儿科学教程的撰写和授课；参与规培生、进修医生的授课；多次主办国家级继续教育学习班和儿童炎症性肠病国际高峰论坛；接受消化专业医生的临床进修学习等。
近五年承担多项国家自然科学基金、上海市自然科学基金面上项目、上海市卫生局课题、“211”工程等课题，科室青年骨干还获得上海市优秀青年医学人才培养计划、2021年上海市“医苑新星”青年医学专科人才培养计划、2022年上海市启明星项目培养计划、2022 年度上海市“科技创新行动计划” 启明星项目(扬帆专项)等。在国际上首次发现SYK基因功能获得性突变会导致人及小鼠免疫失调和全身性炎症，发表在《Nature Genetics》杂志上（IF=41.3分）。此外在国际知名杂志，如Genetics in Medicine、Aliment Pharmacol Ther、IBD、Helicobacter、JPGN、JPEN、Journal of Pediatrics、American Journal of Clinical Nutrition、Am J Nutrition、Gastrointestinal Endoscopy等发表学术论著。复旦儿科消化团队执笔撰写《中国儿童幽门螺杆菌感染诊治专家共识》、《抗肿瘤坏死因子⁃α单克隆抗体治疗儿童克罗恩病的专家共识》、《中国极早发型炎症性肠病外科管理专家共识（2023）》、《麻醉状态下儿童择期结肠镜检查肠道准备专家共识》等多部专家共识。主编出版《粪菌移植治疗儿童菌群失调相关性疾病》、《儿童胶囊内镜图谱与典型病例解析》等专著。
