2017年11月28日，北京市医院管理局儿科学科协同发展中心启动仪式暨医教研平台共享推进会在北京儿童医院举行，标志着由北京儿童医院作为牵头单位、首都儿科研究所附属儿童医院作为联合牵头单位的儿科学科协同发展中心正式启动运行。
2018年3月7日，协同中心在北京儿童医院召开了学术委员会成立暨第一次会议。为贯彻实施健康中国战略，大力加强首都科技创新中心建设，加强市属医院儿科内部联合与协作，进一步实现市属医院儿科的跨越式发展，在北京市医院管理局的统一部署和《医学学科协同发展中心试点工作实施方案》等系列文件精神的指导下，北京市医院管理局儿科学科协同发展中心于2016年3月启动筹备，在北京市医院管理局的正确领导和各兄弟医院的大力支持下，于2017年10月正式批复成立。中心以北京儿童医院为牵头单位，首都儿科研究所为联合牵头单位，联合其余16家拥有儿科的市属医院本着平等自愿、共建共享的原则组建成立，致力于建立一套以学科建设为主线、协同发展为目标、横向合作为手段的发展体系，通过科研联合攻关、人才培养、诊疗能力和成果转化等方面综合提升市属医院儿科的创新能力和发展水平。
